Fakultas Ekonomi Universitas Muhammadiyah Pontianak mulai dibuka pada Tahun 1990 dengan status terdaftar berdasarkan Surat Keputusan Nomor 0518/O/1990 dari dari Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia. Pada Tahun 1996 dikeluarkan Surat Penetapan Kembali status Fakultas Ekonomi dengan Surat Keputusan Mendikbud No.97/DIKTI/KEP/1996, Tanggal 12 April 1996.
 
Pada Tahun 2005 Program Studi Manajemen Fakultas Ekonomi mendapatkan perpanjangan izin penyelenggaraan Program Studi, dari Departemen Pendidikan Nasional dengan No 2551/D/T/2005. Tahun 2009 Departemen Pendidikan Nasional Koordinasi Perguruan Tinggi Swasta Wilayah XI memperpanjang ulang Izin Penyelenggaraan Program Studi Manajemen dengan Nomor 1032/D/T/K-XI/2009. Perpanjangan Izin Penyelenggaraan Program Studi Manajemen ini berlaku sampai dengan Tanggal 19 Juli 2013. Pada Tahun 2013, Program Studi Manajemen mendapat perpanjangan izin kembali dengan Nomor 15122/D/T/K-XI/2013 yang berlaku sampai Tanggal 19 Juli 2017.
 
Pada Tanggal 27 Juli Tahun 2006 Fakultas Ekonomi UM Pontianak memperoleh nilai Akreditasi B dari BAN PT dengan sertifikat akreditasi Nomor: 08952/Ak-X-S1-009/UB5MXX/VII/2006. Selanjutnya, pada Tanggal 23 Juni 2011 Program Studi Manajemen Fakultas Ekonomi UM Pontianak memperoleh nilai akreditasi B dari BAN PT dengan sertifikat akreditasi Nomor: 008/BAN- PT/Ak-XIV/S1/VI/2011, dan pada Tanggal 2 Juni 2016 Program Studi Manajemen Fakultas Ekonomi UM Pontianak memperoleh nilai akreditasi B dari BAN PT dengan sertifikat akreditasi Nomor: 0682/SK/BAN-PT/Akred/S/VI/2016. Pada Tahun 2021 Program Studi Manajemen Fakultas Ekonomi Dan Bisnis UM Pontianak tetap mempertahankan status Akreditasi B dengan bukti sertifikat akreditasi nomor: 5993/SK/BAN-PT/Ak-PPJ/S/VI/2021.
 
Kini Fakultas Ekonomi Universitas Muhammadiyah Pontianak telah berusia 26 tahun, banyak kemajuan yang dicapai mulai dari kemajuan fisik (gedung), kemajuan dalam proses belajar mengajar, kemajuan jumlah mahasiswa, maupun jumlah lulusan yang tersebar di berbagai daerah dengan berbagai posisi yang dipegang. Memasukiparadigma baru pendidikan tinggi, orientasi perencanaan dititikberatkan pada hasil yang ingin dicapai. Oleh sebab itu Fakultas Ekonomi UM Pontianak telah menyesuaikan kurikulum dengan tuntutan dunia usaha. Sejak Semester Ganjil 2015/2016 telah diberlakukan Kurikulum Berbasis Kompetensi (KBK) yang disesuaikan dengan Kerangka Kualifikasi Nasional Indonesia (KKNI). Pada Tahun 2021, lokakarya Kurikulum Merdeka Belajar Kampus Merdeka telah dilaksanakan dan akan diimplementasikan dalam kurikulum yang akan digunakan oleh Program Studi Manajemen Fakultas Ekonomi Dan Bisnis UM Pontianak.
 
Untuk menguatkan posisi Fakultas Ekonomi dalam mendukung perubahan yang semakin dinamis dalam komunitas nasional dan internasional serta menunjang keperluan peningkatan peringkat akreditasi program studi dan institusi maka ditetapkan perubahan nama Fakultas Ekonomi menjadi Fakultas Ekonomi Dan Bisnis berdasarkan SK Rektor Nomor: 058/II.3.AU/KEP/2017.
 
Tanggal 8 November 2021, Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi Dan Direktorat Jenderal Pendidikan Vokasi memberikan rekomendasi atau hasil evaluasi terhadap usulan pembukaan Program Studi Bisnis Digital. Izin pembukaan Program Studi Bisnis Digital FEB UM Pontianak dikeluarkan oleh Menteri Pendidikan, Kebudayaan, Riset, Dan Teknologi Republik Indonesia lewat Surat Keputusan Nomor 495/E/O/2021, Tanggal 15 November 2021. Dengan ini Program Studi Bisnis Digital FEB UM Pontianak dapat segera melaksanakan penerimaan mahasiswa baru dan melakukan proses perkuliahan di T.A. 2022-2023 dan menjadi program studi termuda yang ada di Fakultas Ekonomi Dan Bisnis Universitas Muhammadiyah Pontianak.
 
Dekan Fakultas Ekonomi Dan Bisnis dari Tahun 1990-2025
DRS. H. RASYIDI HAMID ABDUL HAMID SYAM, SE FUAD HATTA, SE
1990-1996 1996-2001 2001-2005
     
EDY SURYADI, SE, MM DEVI YASMIN, SE, MM SAMSUDDIN, SE, M.SI
2005-2009 2009-2017 2017-2021
     
   
DEDI HARIYANTO, SE, MM    
2021-2025