Program kerjasama dengan PT. Bursa Efek Indonesia (BEI) dan MNC Sekuritas bertujuan untuk memasyarakatkan pasar modal dan kegiatan ilmiah secara bersama-sama dalam rangka pengembangan Pasar Modal Indonesia, di lingkungan masyarakat pada umumnya dan komunitas perguruan tinggi pada khususnya. Program kerjasama ini memberikan kesempatan kepada para dosen dan mahasiswa Fakultas Ekonomi Dan Bisnis untuk melakukan penelitian, baik dalam rangka penyelesaian tugas akhir maupun tugas lainnya yang berhubungan dengan bidang usaha pasar modal Bursa Efek Indonesia, dengan memberitahukan secara tertulis terlebih dahulu kepada BEI dan harus mendapatkan persetujuan secara tertulis dari BEI mengenai waktu untuk melakukan penelitian tersebut serta jumlah mahasiswa. Di Universitas Muhammadiyah Pontianak juga terdapat pojok Galeri Investasi BEI – MNC Sekuritas yang dapat melayani mahasiswa maupun masyarakat umum untuk mengetahu informasi tentang pasar modal Bursa Efek Indonesia.
Fakultas Ekonomi Dan Bisnis juga bekerjasama dengan The Indonesia Capital Market Institute (TICMI) dalam rangka kompetensi mahasiswa terkait dengan SKPI (Surat Keterangan Pendamping Ijasah) dan diharapkan nantinya para alumni dapat memiliki skill yang sesuai dengan bidang ilmunya. Dalam Kurikulum Merdeka Belajar Kampus Merdeka, Fakultas Ekonomi Dan Bisnis juga melakukan Perjanjian Kerjasama dengan Dinas Pemberdayaan Masyarakat Dan Desa Kabupaten Kubu Raya agar mahasiswa dapat melaksanakan magang/KKN Tematik di daerah Kabupaten Kubu Raya.
Selain itu ada juga kerjasama internasional yang dilakukan Fakultas Ekonomi Dan Bisnis Universitas Muhammadiyah Pontianak, antara lain:
- Guest Lecturer pada Pangasinan State University Philippines.
- Guest Lecturer di Iloilo Science and Technology University Philippines.