Struktur Organisasi FEB UM Pontianak dari waktu ke waktu mengalami perubahan sesuai dengan tuntutan penyediaan layanan pendidikan yang lebih berkualitas. Saat ini Struktur Organisasi mengacu pada Susunan Organisasi dan Tata Kerja FEB UM Pontianak.
Susunan Organisasi dan Tata Kerja FEB UM Pontianak dijelaskan pada uraian Tugas Pokok dan Fungsi Fakultas Ekonomi dan Bisnis Universitas Muhammadiyah Pontianak.